El Museo Naval se concibe como centro destinado a contribuir a la conservación, estudio y divulgación de la historia y el patrimonio marítimo vascos. Para ello el museo realiza actividades educativas, investigación, publicaciones, producción de exposiciones, recuperación y protección del patrimonio marítimo.
El Museo abrió sus puertas al público el 23 de mayo de 1991. Se encuentra en la Casa-Torre del Consulado, edificio levantado en el puerto a mediados del siglo XVIII. Uno de los pocos edificios civiles que se salvaron de la destrucción de la ciudad en 1813. Anteriormente el edificio estuvo destinado al control del movimiento portuario, el cobro de impuestos y el mantenimiento de muelles.
En la planta baja puede encontrar exposiciones temporales de larga duración. En la planta alta se hacen talleres pedagógicos, exposiciones temporales de menor tamaño, proyecciones, conferencias, etc.
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